Деревянная церковь Перенесения мощей Св. Николая Чудотворца была основана в 1340 г. второй женой Великого князя Литовского Альгирдаса Юлианой. После уничтожения церкви пожаром в 1514 г. литовский гетман Константин Острогишкий построил каменную готическую церковь в византийском стиле. В 1609 г. согласно привилегии короля Сигизмунда Вазы униатам было передано 12 православных церквей, в том числе церковь Св. Николая.
После пожаров 1747 г. и 1748 г. церковь была обновлена в стиле барокко. В 1827 г. ее вернули православным. В 1845 г. церковь Св. Николая была перестроена в русском византийском стиле. Таковым храм сохранился до наших дней.
